Das Versandverfahren Carnet TIR ist zwar ab 1. Januar 2009 grundsächlich elektronisch durchzuführen, aber das Papier-Carnet bleibt vorerst. Zudem sind noch nicht alle Probleme bei der praktischen Umsetzung gelöst. 

Die EU-Zollbehörden haben festgelegt, dass für die Erfassung der elektronischen Daten der Carnet-TIR-Inhaber verantwortlich ist. Dieser muss also künftig, bevor er in der EU ein Carnet-TIR-Verfahren eröffnen will, die Daten des Transports elektronisch an das Abgangszollamt übermitteln, bevor er die Waren und den Lkw zur Verplombung vorführt. Auch bei einem Transport aus dem Drittland in die EU muss er dafür sorgen, dass die Daten des betreffenden Transports vorab an das EU-Eingangszollamt elektronisch übermittelt werden. 

Trotz dieser Änderung bleibt das Papierdokument jedoch vorerst noch erforderlich. Das Papier wird also weiterhin bei den Abgangs-, Transit- und Bestimmungszollstellen gestempelt und unterzeichnet werden müssen. Das hat zwei Gründe. Zum einen verfügen die Staaten außerhalb der EU noch über kein einheitliches computergestütztes Zollsystem. Zum anderen gelten bei eventuellen Unstimmigkeiten bei den elektronischen Daten die Angaben des Papierdokuments als vorrangig. Dem Carnet TIR wird jeweils ein Ausdruck der elektronisch übermittelten Daten als Versandbegleitdokument beigefügt.