Aus dem Kommissionspapier zur geplanten Finanzierung der Transeuropäischen Verkehrsprojekte geht hervor, dass die EU-Kommission den Brenner-Basistunnel mit 786 Millionen Euro fördern will, wovon rund 592,65 Millionen Euro auf den tatsächlichen Bau des längsten Eisenbahntunnels Europas und 193,35 Millionen Euro auf die notwendigen Studien entfallen. 

Damit hätte die Kommission mit ihren Ankündigungen Ernst gemacht, die Vorbereitungsarbeiten mit bis zu 50 Prozent zu fördern. Insgesamt soll der Brenner-Basistunnel 6 Milliarden Euro kosten. Der Baubeginn ist für 2009 vorgesehen, die Fertigstellung 2020 bis 2022. Die Fahrtzeit zwischen Bozen und Innsbruck würde sich von derzeit zwei Stunden auf 50 Minuten reduzieren.